Obiectivul cooperării în domeniul Justiţiei şi Afacerilor Interne este crearea unei „Zone a libertăţii, securităţii şi justiţiei”. JAI este unul dintre pilonii UE. Iniţial a avut la bază cooperarea intergovernmentală dintre statele membre, dar a devenit subiectul procesului supranaţional de luare a deciziilor. (un rezultat al Tratatului de la Amsterdam). Cooperarea interguvernamentală la nivel de poliţie şi justiţie este prevăzută la Titlul VI al TEU. Include cooperarea împotriva rasismului, terorismului, drogurilor armelor şi fraudelor.
Poliţie: TEU prevede o cooperare mai strânsă între forţele de poliţie şi alte autorităţi, inclusiv utilizarea forţei commune de poliţie, Europol aflată la Haga. Cooperarea serviciilor de poliţie include cooperarea operaţională, acţiuni comune şi investigaţii coordonate.
Justiţie: Cooperarea strânsă dintre instituţiile juridice foloseşte unitatea judicară, Eurojust. Cooperarea judiciară include coordonarea între autorităţile de urmărire penală, investigarea criminalităţii transfrontaliere şi punerea în aplicare a cererilor de extrădare. Consiliul ia cele mai multe decizii prin majoritate calificată, dar în cazul problemelor sensibile este nevoie de unanimitate. Tratatul Comunităţii Europene (TEC) în Titlul IV reglementează problema vizelor, azilului, imigraţiei şi alte politici legate de libera circulaţie a persoanelor. Are prevederi legate de cooperarea supranaţională în domeniul controlului frontierelor, refugiaţilor şi imigraţiei. Unanimitatea va continua să fie folosită în legătură cu cele mai sensibile probleme până la 1 mai 2004, când mai multe decizii vor fi luate prin majoritate calificată. Denmarca, Irlanda şi Marea Britanie au obţinut derogări.
Pe viitor Convenţia privind viitorul Europei propune ca Justiţia şi Afacerile Interne să devină o competenţă împărţită, cu vot prin majoritate calificată în Consiliu şi codecizie cu Parlamentul European, cu excepţia cooperării în materie de justiţie şi poliţie. În acest fel, cooperarea interguvernamentală va deveni şi mai supranaţională, oadtă cu dreptul de iniţiativă al Comisiei şi al CEJ de a judeca. În anumite probleme legate de Justiţie şi Afaceri interne statele membre pot veni cu propuneri de legi. Consultaţi Art. I-41.